Doce años atrás, el zorro demonio de nueve colas, Kyubi, atacó la Aldea Oculta de Konoha hasta que el líder, el cuarto Hokage, lo venció, sacrificando su propia vida para sellar al zorro en el interior de un niño recién nacido. El nombre de aquel niño era Uzumaki Naruto.
El cuarto Hokage fue recordado como héroe por sellar al zorro de nueve colas. Él quería que Naruto fuera recordado como un héroe también, pero éste creció con el desprecio de su pueblo, ya que lo veían como si fuera la reencarnación del zorro que había asesinado a sus familias y destruido su pueblo.
Naruto creció como un huérfano, sin amigos ni reconocimiento excepto el de su maestro Iruka, que había sido como él. Él no podía hacer volver a sus padres o forzar a la gente a ser sus amigos, así que buscó reconocimiento del único modo que conocía, con travesuras. Pero eso iba a cambiar pronto. Naruto está a punto de realizar el examen de graduación de la academia ninja, una puerta a acontecimientos y gente que cambiarán y definirán su mundo y su camino de ninja para el resto de su vida.
Naruto encuentra dos amigos y compañeros de su misma edad, Uchiha Sasuke, quien también es su eterno rival y Haruno Sakura, de quien Naruto está enamorado, aunque ella está enamorada de Sasuke. Los tres forman el equipo 7 bajo la guía del experimentado jounin Hatake Kakashi. Cada uno con un sueño individual, se lanzarán a aprender nuevas habilidades y técnicas para lograr su objetivo.
Tras algunas misiones con su grupo, tiene lugar uno de los dos exámenes anuales para alcanzar el rango de chunnin. El grupo de Naruto y otros más de Konoha, junto con otros ninjas de otras aldeas participan en la competición. Sin embargo, ésta se ve interrumpida por un ataque sorpresa que Orochimaru (un ninja renegado de Konoha), en alianza con la Aldea Oculta de la Arena, realiza. Esto provoca la muerte del tercer Hokage, y la forzosa elección de Tsunade para ocupar el puesto.
En el siguiente tramo de la historia, se revela que Sasuke es el último sobreviviente del clan Uchiha, porque su hermano mayor, Itachi, los asesinó a todos, y huyó de la aldea. La principal motivación de Sasuke es ser el mejor para poder matar a su hermano algún día, y hacer resurgir su clan. La aparición de Itachi buscando capturar a Naruto para la misteriosa Organización Akatsuki acelera la historia. Por otra parte, Orochimaru, en su ansia de poder, se fija en Sasuke, al cual convence para que se le una a cambio de fuerza para matar a su hermano. Acaba así la primera parte de la historia.
Luego, la historia continúa en "Naruto Shippuden", donde han pasado tres años, donde Naruto ha estado entrenando con Jiraiya.
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