Shinji Ikari, un chico introvertido de 14 años es llamado por su padre, el jefe de la organización Nerv, para que colabore en la lucha contra el ángel Sachiel, un organismo gigante que está destruyendo la ciudad. Lo único que Shinji tiene que hacer es pilotar un bio-robot gigante, la unidad EVA-01. La repentina llamada de su padre, quien lo había abandonado anteriormente, hace que Shinji se sienta utilizado.
A pesar de eso, acepta por miedo. Posteriormente, continúan apareciendo más ángeles, uno a uno, amenazando con llegar a la base de Nerv. Shinji se muda al departamento de la Jefe de Estrategias, Katsuragi Misato, y aprende a relacionarse con las demás personas.
Mientras Shinji y Asuka, la piloto del EVA-02, se plantean preguntas sin respuesta respecto a Nerv y los ángeles, Misato se entera de toda clase de secretos e intrigas ocultas en la organización...
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